Os prebióticos estimulam o crescimento dos probióticos e suprimem o desenvolvimento de organismos potencialmente prejudiciais. Os suplementos que combinam prebióticos e probióticos designam-se de simbióticos.

Os prebióticos modulam as funções fisiológicas chave, nomeadamente a absorção de cálcio, e têm também efeitos no metabolismo lipídico.

Além disso, as misturas prebióticas de fructo-oligossacáridos (FOS) e galacto-oligossacáridos (GOS) estimulam o crescimento das bifidobactérias e dos lactobacilos intestinais e reduzem o desenvolvimento de microrganismos potencialmente prejudiciais.