Apesar de alguns microrganismos provocarem grandes malefícios a outros seres vivos a maioria desempenha um importante papel na existência e bem estar da humanidade, sendo responsáveis por fenómenos essenciais à vida no nosso planeta. Globalmente, a importância dos micróbios advém não só do conjunto de interações (benéficas ou nocivas) que estabelecem com outros seres vivos mas também do seu grande número, na medida que representam (apenas eles) cerca de dois terços do peso total da matéria viva existente no planeta.

Estes seres estão presentes nos fenómenos de vida e de morte de todos os seres vivos e, desde há milénios, que o Homem usufrui dos benefícios dos microrganismos e da atividade microbiana nas mais diversas áreas, como por exemplo, o fabrico do pão, queijo, iogurte, chocolate, bebidas fermentadas (vinho, cerveja, etc.), o vinagre, assim como, a sua influência na cura de certos alimentos, atribuindo-lhes um sabor característico (ex.: das azeitonas, dos enchidos e de alguns queijos). Os microrganismos são igualmente responsáveis pela produção de antibióticos e vacinas no combate à doença e por outros medicamentos relacionados com a restauração da flora intestinal. São também responsáveis pelo tratamento de efluentes e ainda utilizados na engenharia genética na produção de medicamentos, hormonas, proteínas, enzimas e outros produtos variados.