As espécies autóctones podem ser também designadas por indígenas ou nativas.

Embora as espécies sejam autóctones de uma dada área, isso não significa que não se encontrem ameaçadas. Por exemplo, o azevinho (Ilex aquifolium L.) é uma espécie autóctone de quase toda a Europa, Norte de África e Sudoeste da Ásia, sendo esta a sua área de distribuição natural. No entanto, é uma espécie autóctone que se encontra ameaçada de risco de extinção no nosso país, devido aos incêndios e desramação abusiva para decorações de Natal, pelo que, atualmente, o seu corte é proibido.

Quando as espécies são deslocadas pelo Homem para outros locais, de onde não são naturais, designam-se por alóctones ou introduzidas.

As espécies autóctones podem ser endémicas se são exclusivas de uma dada zona geográfica ou habitat, isto é, quando apenas se encontram nesse dado local.